Alizarin; kökboya bitkisinin köklerinde iki molekül glükoz ile birleşmiş biçiminde bulunan renkli boya maddesidir. Diğer bir ifade ile alizarin, yapı formülü 1,2 dioksi antrakinon olan boyarmadde demektir. Alizarin formülü C14H8O4 1,2 – Dihidroksiant-rakinon, 1,2 dihidroksi-9-10-antrasen-dion, C.I. Mordant Red 11, C.I. Pigment Red 83, C.I. 58.000. Molekül ağırlığı 240.20. Erime noktası 290 °C, kaynama noktası 430°C’dir.
Alizarin (kökboya) eski çağlardan beri kumaş ve özellikle yün boyamacılığında kullanılmıştır. Günümüzde sentetik olarak elde edilmektedir. 289°C’ta ergiyen, turuncu-kırmızı renkte, kristal yapılı bir katkıdır. Özellikle tekstilde, elyaf boyamada kullanılır. Kökboyanın içerdiği başlıca boyarmadde alizarindir ve kökboyayla yapılan boyamalarda yüksek nitelikli bir kırmızı renk elde edilir. Kökboya 19. yüzyılın sonuna kadar geniş ölçüde kullanılan bitkisel boyarmaddelerin en önemlisiydi. Türkiye’de özellikle Batı Anadolu Bölgesi’nde yetiştirilmiş ve 19. yüzyılda Osmanlı İmparatorluğu’ nun dışsatımında üçüncü sırayı almıştır. 1870’de Caro ve çalışma arkadaşları 2-antrakinonsülfon asidi sodyum tuzunu alkalilerle eriterek alizarini sentetik olarak elde ettiler. Alizarin turuncu iğneler biçiminde kristallenir. Suda pratikçe çözünmez. Kaynar suda çok az, alkolde orta derecede, sıcak metanol ve eterde bol çözünür. Ayrıca, benzen, toluen, ksilen, karbon sülfür, piridin ve buzlu sirkede de çözünür. Alkali çözeltilerinde mavi bir renk vererek çözünür ve bu çözeltisini fluoresans göstermez. Yün için kullanılan asit ve krom boyarmaddelerin yapımında; asit-baz indikatörü olarak (% 0.5’lik alkollü çözeltisi sarıdan (pH6,8) döner. Alüminyum, indiyum, civa, çinko ve zirkonyumun tanınmasında kullanılır.