Türkmenler otlak ve meraların yetersizliğini bahane ederek Baba İshak olarak bilinen bir şeyhin önderliğinde Adıyaman ve civarında isyan etmişlerdir. İsyancılar Sivas’ı ele geçirip yağmalamışlardır. Türkmenlerin çıkardığı bu isyanı devlet çok zor bastırmıştır. İsyanın zor bastırılması Türkiye Selçuklularının eski gücünde olmadığını göstermiş ve bundan faydalanmak isteyen Moğollar harekete geçerek Selçuklu şehri olan Erzurum’u yağmalamışlardır. Bunun üzerine Anadolu Selçuklu Sultanı II. Gıyaseddin Keyhüsrev, Moğolların bu hareketi üzerine savaş hazırlıklarına başlamış ve iki ordu 1243 yılında Kösedağ bölgesinde karşı karşıya gelmiştir. Savaşı kazanan Moğollar Erzurum, Sivas ve Kayseri’yi yağmalayarak İran’a dönmüşlerdir.
Kösedağ Savaşı’nın sonuçları
1. Türkiye Selçuklu Devleti’nde dağılma süreci başlamıştır.
2. Merkezi otoritenin zayıflamasıyla birlikte Türkiye Selçuklu topraklarında Türkmen beylikleri kurulmaya başlamıştır.
3. Bazı şehirlerin Moğollar tarafından yağmalanması sonucu birçok eser tahrip edilmiş bilim ve kültür alanında yapılan çalışmalar yavaşlamıştır.
4. Moğol baskısı sonucu yaşanan göçlere bağlı olarak Batı Anadolu’da Türk nüfusu artmıştır.
5. Anadolu’daki huzur ortamı bozulmuş, can ve mal güvenliği kalmamıştır. Buna bağlı olarak ticaret ve üretim faaliyetleri azalmıştır.
6. Türkiye Selçuklu Sultanı II. Gıyaseddin Keyhüsrev Kösedağ Savaşı’ndan sonra Moğol komutanı Baycu Noyan ile barış yapmıştır. Yapılan anlaşmaya göre Türkiye Selçukluları Moğollara vergi ödemeyi kabul etmişlerdir.
7. Türkiye Selçuklularının vergi ödemeyi kabul etmesi Moğolların üstünlüğünü kabul ettiğini göstermektedir. Savaş sonunda Türkiye Selçukluları yıkılma sürecine girerken, Anadolu Türk birliği bozulmuş ve II. Beylikler adı verilen dönem başlamıştır.